Némi googlizás segített. Kiderült, hogy többen is belefutottak a problémába WP 2.6-ra frissítés után s ez valami bug féleség. Végül is David Cumps tanácsait követtem, de csak részben. Szerintem a wp_term_taxonomy tábla módosítgatása a phpMyAdminban teljesen felesleges.
De ne csapongjunk. A megoldás lényege ennyi: kell hogy meglegyen a frissítés előtti adatbázis, egész konkrétan a wp_categories tábla. Tudni kell továbbá, hogy egy adott kategória szerkesztésére a wp-admin/categories.php?action=edit&cat_ID=1 útvonalon van lehetőség, ahol a cím végén lévő szám a kategória azonosítója.
A fenti URL-t meglátogatva (a mentett wp_categories tábla alapján) ismét megadható egyenként minden kategória neve, útvonala, szülője, leírása. (A táblában a szöveges adatok után következő, vesszővel elválasztott számok közül az első jelöli, hogy van-e az adott kategóriának szülője. Ha a szám nulla, akkor nincs, ha más, akkor az a szülő kategória azonosítója.) Sok kategória esetén kicsit fárasztó lehet ez a manuális módszer, de működik. (Ügyesebbek írhatnak valami szkriptet rá…)